حضرت آیت‌الله سیدموسی شبیری زنجانی(قد) خواندن و نوشتن را در کودکی فرا گرفت. وی تحصیلات ابتدایی را هم پشت‌سر گذاشت و پدر با دیدن استعداد فرزند، مقدمات دروس حوزوی را به او آموخت.

پس از آن با راهنمایی اولین مربی و استادش هر یک از متون و کتب درسی رایج در حوزه را با چند روز حضور در جلسه استادان مربوط و بقیه را با مطالعه به انجام رسانید. ایشان نزد آیت‌الله شهید مطهری (1358 ش.) حاشیه ملا عبدالله و از محضر آقا شیخ عبدالجواد جبل‌عاملی سدهی (1407 ق.) بخشی از کتاب شرح لمعه را خواند. نزد آیت‌الله سیدرضا بهاءالدینی (1418 ق.) اندکی از قوانین الاصول و مباحث قطع از رسائل شیخ انصاری را فرا گرفت. بخشی از برائت رسایل را نزد امام خمینی و اندکی از مکاسب و کفایه را نزد آیت‌الله حاج شیخ مرتضی حائری (1406 ق.) آموخت. آیت‌الله سید مرتضی علوی فریدنی (1416 ه ق) استاد درس مطول ایشان از جهت دقت در فهم مطالب، شیوایی بیان و توانایی در ارائه مطالب بی‌نظیر بود.  ایشان مدتی هم در درس حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر محمد محققی (1389ق.) که مطلب گوناگونی از علوم جدید را می‌گفت، حضور یافت.

با پایان یافتن دروس سطح و در هفده سالگی موفق به شرکت در درس خارج فقه و اصول حضرت آیت‌الله سید صدرالدین صدر شد که محل تجمع بسیاری از فضلا و بزرگان حوزه به شمار می‌رفت. همچنین در دروس خارج فقه و اصول دیگر مراجع نظیر آیات عظام؛ سیدمحمد حجت، سیدحسین بروجردی (1380 ق.) و سیدمحمد محقق داماد و بیشترین دستمایه علمی را از دو استاد اخیر کسب کرد.

حضرت آیت‌الله زنجانی در یک دوره درس اصول و حدود 21 سال درس فقه حضرت آیت‌الله داماد حضور فعال داشت و بدین تربیت در شمار فضلای جوان و معروف حوزه درآمد.

ایشان برای آشنایی با نظرات و مبانی علمی حوزه عظیم و کهن نجف اشرف دو بار در سال‌های 1373 و 1374 ه.ق به آن دیار سفر کرد و در دروس خارج فقه، مبحث صلاة آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی (1382 ق.) و مبحث حج آیت‌الله سید محسن حکیم (1390ق.) و خارج فقه و اصول آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی (1413 ق.) و مقداری از بحث رضاع از فقه، حضور یافت و به مبانی و نظرات فقهی و اصول آنان دست یافت.

 ایشان در طول دوران تحصیل با اعلام و بزرگانی مباحثه می‌کرد، از جمله حضرات آیات امام موسی صدر (مفقود شده در 1358 ق.)، شهید دکتر سید محمدحسین بهشتی (1360 ش.) سید عبدالکریم موسی اردبیلی، احمد آذری قمی (1419 ق.) و ناصر مکارم شیرازی. در ضمن طولانی‌ترین مباحثه علمی وی با مرحوم آیت‌الله حاج سید مهدی روحانی (1421 ق.) و آیت‌الله احمدی میانجی بود. 1

..............................................

1. تاریخ و فرهنگ معاصر، ش 5، عالم ربانی (شرح حال آیت‌الله سید مهدی روحانی، دفتر اول، کانون نویسندگان فضلای قمی، گلشن ابرار، ج 2، ص 839.