به گزارش مركز خبر حوزه، ساخت اين مدرسه از سال 1116 تا 1126 هجرى قمرى به مدت 10 سال به طول انجاميده و به واسطه آن‌كه مادر شاه سلطان حسين، بانى آن بوده است، به نام مدرسه مادر شاه مشهور مى‌شود. پس از گذشت سال‌ها نام آن به مدرسه سلطانيه تغيير مى‌يابد و نوعى مدرسه حكومتى به حساب مى‌آمده است؛ البته به مرور زمان نيز به مدرسه چهارباغ مشهور مى‌شود و هنوز هم به اين نام در ميان مردم اصفهان، به دليل جايگاه جغرافيايى شهرت دارد، درحالى كه پس از انقلاب اسلامى، نام مدرسه توسط نماينده امام خمينى قدس‌سره‌ در اصفهان و جمعى از اساتيد حوزه، به مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام مزين گرديد.
مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام را به لحاظ علمى مى‌توان به سه دوره صفوى، پهلوى و انقلاب اسلامى تقسيم كرد. در دوره صفوى، به واسطه حمايت‌هاى حكومت از علما و روحانيون، اين مدرسه رشد علمى بسيارى داشت، به طورى كه اساتيد بنامى در آن تدريس مى‌كردند. مراسم افتتاحيه مدرسه با حضور علماى آن زمان برگزار شده و توليت آن بر عهده مرحوم آية‌‌اللّه خاتون‌آبادى، يكى از علماى مشهور حوزه علميه اصفهان بوده است. مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام در دوران پهلوى، به واسطه سياست محدودكردن فعاليت‌هاى مذهبى، على‌رغم تلاش بسيارى از علما و روحانيون، به ويژه مرحوم آية‌‌اللّه آيت نجف‌آبادى دچار يك انفعال گرديد، اما ماهيت كار خود را از دست نداد. حمايت مرحوم آية‌‌اللّه خراسانى، رئيس وقت حوزه علميه اصفهان در پيش از انقلاب اسلامى، رونق خاصى به مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام بخشيد و گروهى از طلاب را براى تحصيل به اين مدرسه فرستاد، زيرا اين مدرسه در نقطه‌اى دورتر از حوزه علميه واقع شده بود. اين مدرسه علميه پس از انقلاب اسلامى با واگذارى توليت به نماينده حضرت امام خمينى قدس‌سره‌ در استان اصفهان و امام جمعه وقت، كار خود را آغاز كرد. مراسم شروع به كار اين مدرسه در دوره انقلاب اسلامى، در سالروز ولادت حضرت امام صادق عليه‌السلام و با سخنرانى حضرت آية‌‌اللّه خامنه‌اى، برگزار گرديد. اين مدرسه در همان سال‌هاى اول انقلاب، به عنوان ستاد انقلابيون قرار گرفت و اكثر جلسات انقلابيون در مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام تشكيل مى‌شد، كه پس از حضور معاون آموزش وقت  در سال 1359، عملا از تشكيل ستاد انقلابيون، ممانعت به عمل آمد. مدرسه علميه امام صادق عليه‌السلام در دوران هشت سال جنگ تحميلى، 102 طلبه شهيد را تقديم انقلاب اسلامى كرد. اين مدرسه در حال حاضر، با 120 حجره، 30 مدرس، 270 طلبه و40 استاد، مشغول فعاليت از مقدمات تا درس خارج مى‌باشد و اتاق رايانه با 8 دستگاه، سالن ورزشى و كتابخانه 15هزار جلدى در آن مشاهده مى‌شود. اختصاص شهريه اختصاصى به طلاب، اهميت به پژوهش و تبليغ، برگزارى اردوهاى فرهنگى و تفريحى و ايجاد فضاى باز سياسى، از جمله موارد فعاليت‌هاى اين مدرسه است.