ولادت و خاندان
آیت‌الله محمدهادی عبدخدایی(ره)، در 26 تیرماه 1317شمسی در مشهدمقدس در بیت علم و تقوا دیده به جهان گشود. پدرش آیت‌الله حاج شیخ غلامحسین تبریزی، از علمای برجسته و متقی مشهد و از شاگردان آیات عظام آخوند خراسانی، سید محمدکاظم یزدی و شیخ‌الشریعه اصفهانی(قد) بود که سالیان طولانی در تبریز و مشهد به فعالیت‌های علمی و تبلیغی و مبارزاتی مشغول بود و در مسجد جامع گوهرشاد به اقامه جماعت و نماز جمعه اهتمام داشت. مادرش نیز زنی مؤمنه و باتقوا از آل‌شهیدی بود که نقش مهمی در تربیت دینی فرزندان خود داشت.
برادران ایشان نیز همه از اهل علم و جهاد و مبارزه بودند و خاندان عبدخدایی با بسیاری از بیوت حوزوی مشهد مانند خاندان شهیدی، علم‌الهدی و حسینی سیستانی، ارتباط نسبی و سببی داشتند و شخصیت‌های حوزوی متعددی از این خاندان‌ها در حوزه‌های علمیه منشأ آثار و برکات شدند که هم‌اکنون نیز ادامه دارد.

  تحصیلات حوزوی
ایشان پس از تحصیلات ابتدایی و مقدماتی، در 11 سالگی وارد حوزه علمیه مشهد شد و از محضر اساتید آن زمان همچون آیات: سید محمد موسوی‌نژاد (در ادبیات عرب)، غلامحسین تبریزی (والدش)، کاظم دامغانی، سید جلیل‌الدین حسینی، سیدعلی علم‌الهدی، سیدجواد خامنه‌ای، مجتبی قزوینی، هاشم قزوینی، حسین وحید خراسانی و دیگران بهره برد و سپس به‌مدت هفت‌سال در دروس خارج فقه و اصول آیت‌الله‌العظمی میلانی(قد) شرکت کرد. ایشان مدتی کوتاه نیز به حوزه علمیه قم رفت و از دروس آیات عظام سید محمدرضا گلپایگانی، میرزاهاشم آملی و سیدمحمد محقق داماد(قد) کسب فیض نمود و به مرتبه اجتهاد نایل آمد و به مشهدمقدس بازگشت.
او در طول دوران تحصیل در حوزه علمیه، با شخصیت‌های برجسته‌ای هم‌درس و هم‌دوره بود که مهمترین آنها مقام معظم رهبری است که درس معالم‌الاصول را با یکدیگر در مدرسه علمیه سلیمان خان مباحثه می‌کردند.

  تحصیلات دانشگاهی
آیت‌الله عبدخدایی(ره) همزمان با دروس حوزوی، دیپلم را اخذ نمود و پس از اتمام دروس حوزوی، بر اساس احساس وظیفه، وارد دانشگاه فردوسی مشهد شد و در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته الهیات و معارف اسلامی تحصیل کرد و از اساتید برجسته دانشگاه مانند آیات سید جلال‌الدین آشتیانی، شیخ جعفر زاهدی، محمد واعظ‌زاده خراسانی و استاد کاظم مدیرشانه‌چی بهره‌مند گردید.
ایشان برای ادامه تحصیل دوره دکتری در رشته فلسفه و کلام اسلامی، راهی دانشگاه تهران شد و در آنجا از محضر اساتید بزرگی چون آیات شهید مطهری و شهید دکتر مفتح(ره) بهره برد و با زبان‌های خارجی مانند انگلیسی، عربی و ایتالیایی آشنایی پیدا کرد که این امر، در فعالیت‌های پژوهشی و بین‌المللی ایشان بسیار مؤثر بود.

  تدریس در حوزه و دانشگاها
یشان در مدارس علمیه حوزه علمیه مشهد، به تدریس سطوح عالیه فقه، اصول، تفسیر، کلام، فلسفه و اخلاق و معارف اشتغال داشت و در دانشگاه‌های تهران، شهید بهشتی، امام صادق(ع)، فردوسی مشهد، جامعةالمصطفی و دانشگاه روابط بین‌الملل وزارت امور خارجه و سایر مراکز آموزش‌عالی، به تدریس دروس مرتبط با علوم اسلامی و فلسفه و کلام مشغول بود.
او همچنین به‌عنوان استاد راهنما و مشاور در پایان‌نامه‌ها و رساله‌های دکتری در حوزه و دانشگاه نقش ایفا می‌کرد و تاکنون آثار علمی متعددی تحت اشراف ایشان به نگارش درآمده است.

  سوابق پژوهشی و تألیفات
آیت‌الله عبدخدایی دارای سوابق پژوهشی گسترده‌ای است و آثار متعددی در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی و انسانی به نگارش درآورده‌ است که در اینجا به آنها اشاره می‌کنیم.
الف) کتاب‌های منتشرشده
1. اخلاق پزشکیدر 232 صفحه 2.جلوه‌گاه عرفان (شرح مناجات شعبانیه) در 326 صفحه 3.جلوه‌هایی از معارف اسلامی در 272 صفحه. (مجموعه سخنرانی‌ها و مقالات ارائه‌شده در کنفرانس‌های بین‌المللی و دانشگاه‌ها و مجلات خارجی در کشورهای ایتالیا، فرانسه و اسپانیا) 4.اشراف بر کتاب الاسرة فی رحاب-القرآن والسنة و نگارش مقدمه آن در 491 صفحه، 5.خاطره‌ها از سنت پیترو واتیکان در 544 صفحه، 6.نیایش (شرح دعای کمیل)؛ جلوه‌های قرآنی در مناجات علوی در 430 صفحه، 7.الگوها و اسوه‌ها (داستان‌هایی از سیره اقتصادی رسول‌اکرم(ص) و دخت گرامی ایشان(س)در 206 صفحه، 8.گلزار توحید (بیان اعتقادات و معارف توحیدی در قالب شعر) در 226 صفحه، 9.مدیریت خانواده (تدبری در آیه 34 سوره نساء) در 36 صفحه، 10.برگی زرّین از عرفان اسلامی (شرح زیارت امین‌الله)در 258 صفحه، 11.تفسیر آیات‌الرحمن (جلوه‌هایی از آیات الهی، تفسیر سوره روم) در 301 صفحه، 12.حکمت قرآنی در 374 صفحه، 13.مرآةالعرفان (شرح المناجاةالشعبانیة) (به زبان عربی): همکاری در تدوین فهرست برای کتاب «الفهرست شیخ طوسی(رض)».
ب) کتاب‌های منتشرنشده
علاوه بر آثار منتشرشده، ایشان آثار ارزشمندی نیز دارد که هنوز به چاپ نرسیده؛ اما برخی از آنها آماده چاپ می‌باشد که به آنها اشاره می‌شود.
1. رسول‌الله فی کلام‌الله، تفسیر بخشی از آیات‌الاحکام، تفسیر بخشی از آیات‌العقائد، علومی در مورد قرآن کریم، فلسفه سیاسی در نهج‌البلاغه، مقامات عارفانه؛ ترجمه و شرح مقامات العارفین ابن‌سینا، تفسیر سوره مبارکه حجرات، یهود و مسیحیت، شرح و نقدی بر دیدگاه مسیحیت در مورد اسلام، اسلام و ادیان دیگر، بر روی امواج، فروغ حق در نهج‌البلاغه، تقوای سیاسی در نهج‌البلاغه، نظام مالی در حکومت اسلامی دین، مدرنیسم و پست‌مدرنیسم، قاعده لاضرر و بهداشت محیط، مجموعه مقالات به زبان ایتالیایی، خیر و شر از نظر آفرینش (رساله دکتری)، تقریرات دروس اساتید خود، مجموعه مقالات و مصاحبه‌ها.
ج) مقالات
استاد عبدخدایی مقالات متعددی منتشر کرده است که در اینجا به مهمترین آنها اشاره می‌شود.
1. مذهب-مدرنیسم- پست‌مدرنیسم، زبان انگلیسی، سال 2000، منتشرشده توسط مؤسسه caritaZalitica.
2. توحید الهی 1، زبان ایتالیایی، ژانویه سال 99، منتشرشده توسط مجله Il-Puro-islam.
3. توحید الهی 2، زبان ایتالیایی، اکتبر سال 99، منتشرشده توسط مجله Il-Puro-islam.
4. اسلام راستین، زبان ایتالیایی، آوریل سال 2000، منتشرشده توسط مجله Il-Puro-islam.
5. قاعده لاضرر و بهداشت محیط زیست، مجله علمی پژوهشی دانشکده الهیات مشهد، شماره 33 و 34، سال 1375.
6. فروغ حق در نهج‌البلاغه، مجله علمی پژوهشی دانشکده الهیات مشهد، پائیز و زمستان سال 1379.
7. تقوای سیاسی در نهج‌البلاغه، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 68 و 69، زمستان سال 1379، ص 167-189.
8. نگاهی به عرفان اسلامی با الهام از قرآن و عترت(ع)، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 78، بهار سال 1382، ص 29-7.
9. لقای الهی، پیام جاویدان (رؤیت معنوی)، شماره 5، سال 1383.
10. علم الهی و نقش تربیتی ایمان در آن، سال 32، شماره 119، تابستان 1392.
11. حضور الهی، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 89،  سال1384.ص30-18.
12. فروغ بی‌پایان، نگاهی از مسیحیت به ساحت مقدس پیامبر اعظم(ص)، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 92و93،  پاییز و زمستان سال 1385، ص 56-25.
13. شیر زن کربلا در قصرالخضراء، مجله علمی ترویجی مشکاة ، سال 37، شماره  139، تابستان 1397.
14. فروعی از اخلاص در مکتب وحی و نغمه‌های شاعرانه، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 82،  بهار سال 1383، ص 44-21.
15. درخشش علم و عصمت در ائمه اطهار(ع)، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 72و 73، پاییز و زمستان سال 1380، ص 29-7.
16. نقش ایمان در پزشکی و درمان، در کتاب مجموعه مقالات سمینار دیدگاه‌های اسلام در پزشکی، سال1371.
17. نظام مالی در حکومت اسلامی، در مجموعه مقالات سمینار دیدگاه‌های اسلام در پزشکی.
18. قدرت الهی، مجله علمی ترویجی مشکاة، شماره 110، بهار1390.
19. نهاد فقاهت از منظر قرآن کریم، 20 شورا در مکتب وحی و ولایت، 21. شورا در مکتب وحی و ولایت. 22. انسجام اسلامی و راهکارهای آن. 23. پژوهشی در آموزش‌عالی. 24. جهان‌بینی عرفانی حافظ. 25. بداء جلوه‌ای از اراده الهی. 26. شخصیت حضرت مسیح(ع) و نقش ایشان در جهان از دیدگاه اسلام. 27. جلوه‌گاه عرفان؛ برداشتی از صحیفه سجادیه که در سمینار شیراز ارائه شد. 28. تجلّی کرامت انسانی در دولت مهدوی(عج) که در سمینار قم ارائه شد. 29. سیمای خورشید که در سمینار حضرت زهرا(س) ارائه شد. 30. حکمت اسلامی، مقاله و سخنرانی که در سمینار اداره ارشاد اسلامی در تهران ارائه و منتشر شد. 31. آموزش‌های غیرکلاسیک و ریشه‌های مکتبی آن که در همایش دانشکده علوم تربیتی در مشهد ارائه شد.

  حضور در کنگره‌ها و کنفرانس‌های داخلی و بین‌المللی 
  ایشان در کنار فعالیت‌های علمی و پژوهشی خود، سخنرانی‌های متعددی در کنگره‌ها، سمینارها و          کنفرانس‌های علمی داخلی و بین‌المللی داشته است و مقالات متعددی را در نشست‌های معتبر جهانی از جمله نشست‌های یونسکو، یونیدو، بین‌المجالس در فنلاند و دانشگاه‌های معتبر اروپایی و در کشورهایی چون فرانسه، ایتالیا، اسپانیا، فنلاند، کانادا، انگلستان، سوریه و امارات ارائه نموده است.

  فعالیت‌های تبلیغی و مبارزاتی
آیت‌الله عبدخدایی از پیشگامان منبر و خطابه بوده و از سال‌های پیش از انقلاب، فعالیت‌های تبلیغی و انقلابی گسترده‌ای در داخل و خارج کشور داشته است. او با وجود ممانعت‌های شدید ساواک، سخنرانی‌های متعددی در تهران و سایر شهرها ایراد کرده و نماز جماعت و جمعه را در مسجد گوهرشاد مشهد و حتی در منزل خود به‌صورت یک حرکت مذهبی انقلابی برگزار می‌کرد.
از بنیان‌گذاران بسیج در خراسان  و از همراهان امام خمینی(قد) در پاریس (سال 1357ش)
 همچنین با شهید نواب صفوی(ره) هم‌فکری و با وی ملاقات‌هایی داشته است.
سخنرانی‌های تأثیرگذار در تبیین مواضع انقلاب اسلامی و افشای جنایات رژیم پهلوی را به جهانیان در مجمع جهانی اسلامی لندن، تالار دانشگاه و برایتون،
سخنرانی در کنگره سازمان ملل در اتریش و نشست بین‌المجالس در گوآتمالا؛
سفر تبلیغی به کشورهای مختلفی از جمله عربستان، عراق، سوریه، امارات، بحرین، کویت، کشورهای اروپایی (فرانسه، انگلیس، آلمان، ایتالیا، سوئیس، اتریش، اسپانیا، فنلاند)، روسیه، آسیای شرقی (چین و ژاپن)، جنوب آسیا (هند و پاکستان) و آمریکای شمالی و مرکزی (کانادا، مکزیک و گوآتمالا) ؛
 پیشنهاد تأسیس دانشگاه بین‌الملل اسلامی، دانشگاه آزاد اسلامی، دیوان عدالت اداری، بازرسی کل کشور، دیوان محاسبات و قانون مطبوعات و طراحی لوایح برنامه و بودجه؛ حضور مستمر به جبهه‌های غرب و جنوب؛ و موسس «بهداشت و بیمه محصلین علوم دینی».
آیت‌الله عبدخدایی(ره) در سلوک سیاسی، شخصیتی انقلابی و پایبند به ولایت فقیه بود و مبارزه و حرکت در مسیر اهداف و آرمان‌های امام خمینی و مقام معظم رهبری را ضروری می‌دانست و معتقد بود، حوزه‌های علمیه باید فقیه متخصص در علوم روز تربیت کنند تا بتوانند، نیازهای جامعه اسلامی را پاسخگو باشند.

  سوابق و مسئولیت‌های علمی، فرهنگی و سیاسی
آیت‌الله عبدخدایی دارای سوابق طولانی و چشمگیری در زمینه‌های مدیریتی و اجرایی در عرصه‌های علمی، فرهنگی و سیاسی می‌باشد:
 حدود 30 سال عضو هیأت علمی دانشگاه فردوسی مشهد و چندین سال مدیرگروه ادیان و عرفان در این دانشگاه؛ چندین سال ریاست دانشکده علوم قرآنی مشهد؛ مدیر و متولی مدرسه علمیه جعفریه و مؤسس مدرسه علمیه رضویه، عضویت در هیأت متولیان حسینیه خراسانی‌ها در کربلای معلی و عضویت در هیأت‌های علمی و امنای مدارس و مراکز علمیه از جمله مدارس انوارالصادق(ع)، حضرت ولی‌عصر(عج) و مؤسسه میراث فقاهت خراسان و تولیت مکتب عصمتیه؛
استاد و عضو هیأت علمی جامعة المصطفی(ص)؛ رئیس و عضو هیأت مؤسس مؤسسه آموزش‌عالی حکمت رضوی؛ عضویت در شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، شورای پژوهش‌های علمی کشور، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی و ریاست کمیسیون الهیات، ادبیات، فلسفه، تاریخ و هنر در این شورا؛
 عضو هیأت امنای دانشگاه‌های شرق کشور (فردوسی، سبزوار، بیرجند)؛ ریاست هیأت امنای بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی، عضو شورای‌عالی فرهنگی آستان قدس رضوی؛
 عضو هیأت امنای دانشگاه علوم اسلامی رضوی و عضو شورای برنامه‌ریزی حوزه علمیه خراسان، در مدیریت و هدایت نهادهای علمی و فرهنگی  و حوزوی کشور؛
سه‌دوره نماینده مردم خراسان در مجلس شورای اسلامی (دوره‌های اول، دوم و چهارم)؛
یازدهمین سفیر جمهوری اسلامی ایران در واتیکان (از 14 اردیبهشت 1376 تا 1379)؛
معاونت فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی خراسان در آغاز انقلاب، نمایندگی روحانیت در این نهاد، عضویت در کمیته معارف به ریاست مقام معظم رهبری و مسئولیت اجرایی دفتر مرکزی نمایندگان مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها و عضویت در مجمع مشورتی مدیران استانی و شهری؛
عضو مجلس خبرگان رهبری (دوره پنجم) و عضو کمیسیون‌های سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و هیأت اندیشه‌ورز این مجلس، در مراکز تصمیم‌گیری عالی کشور؛
 عضو هیأت تحریریه مجلات علمی و ترویجی از جمله «مشکاة» و «نهج‌البلاغه».

  ارتحال
آیت‌الله حاج شیخ محمدهادی عبدخدایی(ره)، سرانجام پس از عمری جهاد، تدریس، تألیف و خدمت به دین و نظام اسلامی و پس از گذراندن یک دوره بیماری، در سحرگاه جمعه 10 بهمن 1404شمسی دار فانی را وداع گفت و به دیار باقی شتافت.
پیکر مطهر این عالم مجاهد روز شنبه 11 بهمن با حضور با شکوه علما، حوزویان و عموم مردم تشییع شد و پس از اقامه نماز از سوی آیت‌الله سیداحمد علم‌الهدی، نماینده محترم ولی‌فقیه در خراسان رضوی و امام جمعه مشهد، در رواق دارالزهد حرم مطهر، به خاک سپرده شد.
در پی رحلت این شخصیت برجسته، رهبر معظّم انقلاب اسلامی و جمعی از علما، مسئولان کشوری و فرهنگی، پیام‌های تسلیتی صادر کردند و درگذشت ایشان را به خاندان عبدخدایی و شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت گفتند. یادش گرامی و راهش پررهرو باد.

  پیام تسلیت مقام معظم رهبری
​​​​​​​متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح ذیل می‌باشد:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
با تأسف و تأثر خبر درگذشت عالم متعهد، جناب حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدهادی عبدخدایی را دریافت کردم.
ایشان از دوستان دیرین اینجانب و آراسته به فضائل و در سال‌های متمادی در تهران و مشهد و نیز در خارج کشور منشأ خدمات ارزشمند بودند.
به خاندان محترم عبدخدایی تسلیت عرض می‌کنم و مغفرت الهی و علو درجات برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای- 11/11/1404