برنامه‌ها و اقدامات بنیادین و تحولی معاونت پژوهش حوزه‌های علمیه در حمایت مادی و معنوی از پژوهشگران حوزوی در کنار برنامه‌های مستمری مانند تکریم و تجلیل از پژوهشگران معمر و پیشکسوت، معرفی پژوهشگران به خانه کتاب، مدارج علمی، اعلام امتیاز متقاضیان اسکان در شهرک مهدیه عبارت‌اند از:

  الف) تأسیس سامانه پژوهشگران: از سال 1400، با عنایت ویژه مدیر محترم حوزه‌های علمیه و معاون محترم پژوهش، تأسیس سامانه ویژه پژوهشگران حوزوی، با جدیت پیگیری شده و هم‌اکنون مرحله نخست آن، در بستر پیشخوان حوزه به اجرا درآمده است.
در این مرحله، پژوهشگران می‌توانند با مراجعه به این سامانه، سوابق علمی و پژوهشی خود را در عرصه‌هایی همچون: کتاب، مقاله، طرح پژوهشی، گردهمایی علمی، کارگاه‌های پژوهشی انجمن‌ها، کانون‌ها و پایان‌نامه، ثبت و بارگذاری کنند. همچنین، در این مرحله امکان ثبت پژوهش درسی و تحقیق پایانی فعال شده است. با راه‌اندازی سامانه پژوهشگران در بستر پیشخوان حوزه‌های علمیه، تمامی فرایند تشکیل پروند، ارزیابی، تعیین وضعیت پژوهشی و هرگونه حمایت و ارائه خدمات به متقاضیان از اساتید، پژوهشگران و طلاب، صرفاً از طریق این سامانه و بر اساس آثار و فعالیت‌های ثبت‌شده در این سامانه خواهد بود.
 
 ب) شناسایی و تشکیل پرونده پژوهشگران
 با راه‌اندازی سامانه پژوهشگران در سال 1400، شمار پرونده‌های تشکیل‌شده در سال 1402 به بیش از 12913 پرونده تا لحظه تدوین این گزارش رسیده و همچنان رو به افزایش است.  (جدول 1)

  ج) ارزیابی آثار و فعالیت‌های پژوهشگران: در حال حاضر، به‌استناد «دستورالعمل اجرایی شناسایی، ارزیابی و رتبه‌بندی پژوهشگران حوزوی» و برای سهولت و سرعت در ارزیابی و رتبه‌بندی پژوهشگران، آثار و فعالیت‌های علمی و پژوهشی متقاضیان، بر اساس داده‌های سامانه پژوهشگران، در دو سطح کارگروه داخلی(برای احراز تحقق فعالیت‌ها و کارگروه تخصصی برای تعیین امتیازهای آثار هر پژوهشگر) ارزیابی می‌شود.(جدول 2)
 
  د) اعطای خدمات به حوزویان دارای اثر و فعالیت پژوهشی:
اعطای خدمات به حوزویان دارای اثر و فعالیت پژوهشی بر اساس جدول 3 خواهد بود.

  هـ)  اصلاح آیین‌نامه‌های
«صندوق حمایت از فناوران و پژوهشگران کشور»
آیین‌نامه «صندوق حمایت از فناوران و پژوهشگران کشور» بر اساس بوم حوزه و به‌منظور بهره‌مندی پژوهشگران حوزی از حمایت‌های این صندوق اصلاح شد. در حال حاضر حوزویان می‌توانند، با ورود به سامانه این صندوق، آثار علمی خود، مانند مقاله، کتاب، طرح پژوهشی و پایان‌نامه را در بخش گروه معارف اسلامی بارگذاری کنند. در صورت تصویب و تأیید این آثار، حمایت‌های بلاعوض صندوق شامل این دسته از حوزویان خواهد شد.