معنای هویت علمی حوزه
هویت علمی حوزه این است که پرورشگاه عظیمی برای تربیت علما و نوابغ و بزرگان است؛ نه فقط در فقه و اصول بلکه در همه رشته‌هایی که یا مردم به آنها محتاج‌اند؛ یا ادای تکلیف، متوقف به آنهاست. بعضی از چیزها هست که مردم به آنها محتاج نیستند؛ فرض بفرمایید در مورد شعر و ادب، مردم در باب شعر و ادب به حوزه علمیه محتاج نیستند؛ اما اگر حوزه علمیه بخواهد اثرگذار باشد، نمی‌تواند از ادبیات، از شعر و از ذوقیات دور بماند.
ما یک مشت آدم خشک، جامد، بی‌اطلاع از همه نشانه‌های ذوق و ادب درست کنیم و به درون جامعه بفرستیم؛ آنها اصلاً، جایی باز نخواهند کرد... . حوزه علميه، فقط فقه و اصول و کلام و فلسفه نیست؛ ادبیات هست؛ عرفان و ذوق هم هست؛ اینها هم جزء کارهای حوزه است؛ .... غیر از اینها زبان خارجی هم هست؛ ... بعضی‌ها می‌گویند: «طلبه‌ها را مشغول می‌کنید، درحالی‌که امروز وسیله تفاهم است .... همه این کارها، ... جزء کارهای علمی است. در کنار آن، همین بحث اخلاق هم که مطرح می‌شود، جزء کارهای علمی و کارهای پرورشی است.

   تولید فکر اساسی‌ترین وظیفه حوزه‌های علمیه
حوزه‌های علمی اساسی‌ترین کاری که امروز بر عهده دارند، به‌طور جمعی و همین‌طور فضلا که توانایی بر این کار دارند، به‌صورت فردی وظیفه‌شان تولید فکر است. تولید فکر اساسی، تبیین و تحکیم مبانی اسلامی، ایستادگی در مقابل شبهه‌هایی که دشمنان حاکمیت اسلامی بر اذهان وارد می‌کنند ... این وظیفه بر دوش ماست؛ عده‌ای باید خود را آماده کنند.

   ضرورت تولید فکر برای ایجاد تمدن اسلامی
برای ایجاد یک تمدن اسلامی مانند هر تمدن دیگر دو عنصر اساسی لازم است: یکی تولید فکر؛ یکی، پرورش انسان. فکر اسلامی مثل یک دریای عمیق است؛ یک اقیانوس است؛ هرکس که لب اقیانوس رفت، نمی‌تواند ادعا کند که اقیانوس را شناخته است. هرکس هم که نزدیک ساحل پیش رفت و یا چند متری در آب در یک نقطه‌ای فرو رفت، نمی‌تواند بگوید اقیانوس را شناخته است. سیر در این اقیانوس عظیم و رسیدن به اعماق آن و کشف آن که از کتاب و سنت همه اینها استفاده می‌شود، کاری است که همگان باید بکنند؛ کاری است که در طول زمان باید انجام گیرد. تولید فکر در هر زمانی متناسب با نیاز آن زمان از این اقیانوس عظیم معارف، ممکن است.
.... در همه زمان‌ها این امکان برای متفکران آگاه، قرآن‌شناسان، حدیث‌شناسان، آشنایان با شيوه استنباط از قرآن و حدیث ... وجود دارد که اگر به نیاز زمانه آشنا باشند، سؤال زمانه را بدانند، درخواست بشریت را بدانند، می‌توانند سخن روز را از معارف اسلامی بیرون بیاورند. حرف نو همیشه وجود دارد؛ تولید فکر، تولید اندیشه، راهنما و راه‌گشا برای بشریت شرط دوم، پرورش انسان است.

  آزادی اخلاق و منطق سه پایه جنبش نرم‌افزاری
آنگاه که نخبگان ما، نقطه تعادل میان هرج و مرج و دیکتاتوری را شناسایی و تثبیت کنند، دوران جدید آغاز شده است. آری؛ نباید از آزادی ترسید و از مناظره گریخت و نقد و انتقاد را به کالای قاچاق و یا امری تشریفاتی تبدیل کرد؛ چنانچه نباید به‌جای مناظره، به جدال و مراء گرفتار آمد و به‌جای آزادی به دام هتاکی و مسئولیت‌گریزی لغزید. آن‌روز که هم آزادی سهم اخلاق و سهم منطق همه یکجا و در کنار یکدیگر ادا شود، آغاز روند خلاقیت علمی و تفكر بالنده دینی در این جامعه است و کلید جنبش تولید نرم‌افزار علمی و دینی در کلیه علوم و معارف دانشگاهی و حوزوی زده شده است.

   مأموریت‌های اصلی حوزه در جامعه پژوهش و تربیت عالمان دینی
ما وقتی به تصویر دنیای اسلامی کشورمان نگاه می‌کنیم، پنج کار اصلی را می‌بینیم که باید انجام آن را از حوزه توقع داشته باشیم. از آن پنج کار سه کار است که خود حوزه برای بقای خودش، تقریباً به آنها احتیاج دارد و دو کار دیگر را بیرون حوزه، بدان احتیاج دارند:
- کار اول، عبارت از مرجعیت و افتاست؛ مردم همیشه محتاج مرجع و مفتی هستند و حوزه متکفل تربیت و تولید مرجع و مفتی است.
- کار دوم، تربیت مدرّس است. حوزه، طبعاً مدرّسانی لازم دارد که باید در خود حوزه تربیت بشوند.
- کار سوم، تحقیق و تألیف در مسائل علمی است؛ چه کارهایی که از بیرون به حوزه عرضه می‌شود و چه کارهایی که متعلق به خود حوزه است و به محققان و مؤلفانی که کتاب‌هایی بنویسند، احتیاج دارد و چه کتاب‌هایی که برای بیرون حوزه لازم است و چه کتاب‌هایی که حاوی تحقیقات جدید در مسائل فقهی است و شیوه نوین استنباط را بیان می‌کند - که امام در همین پیام و یکی از پیام‌های قبلی‌شان به آن اشاره کردند - و چه کتاب‌های درسی. این سه کار، بیشتر به درون حوزه توجه دارند؛ ولی دو کار دیگر به بیرون حوزه نگاه می‌کنند.
- کار چهارم، مسأله قضاست. سیستم قضایی اسلامی، فقیه و مجتهد و عادل را می‌طلبد. قضای اسلامی این است. آن وقتی که ما مجتهد و مفتی و صاحب‌نظر نداریم، به قاضی مأذون مِن قِبَل المجتهد اکتفا می‌کنیم. این از باب ضرورت است که «الضّرورات تبیح المحذورات». آن وقتی که قاضی عادل قطعی نداریم، به آنکه مورد اعتماد باشد، اکتفا می‌کنیم؛ والّا باید فقیه و مجتهد عادل، منصب قضا را به عهده بگیرد. پس، این هم کار دیگر حوزه‌های علمیه است که بایستی دائماً یک رشته از رشته‌های پنجگانه آن، برای این مهم کار کند.
- کار پنجم، تبلیغ در سطح وسیع و به‌شیوه مطلوب و مدرن است که در مطلب سوم، شأن تبلیغ و ابعاد گوناگون تبلیغی را که امروز از ما متوقع است، توضیح خواهم داد.
این پنج مسئولیت را حوزه  علمیه باید انجام بدهد. آیا بدون نظم و تقسیم‌بندی و تقسیم کار و کوتاه‌کردن راه‌ها و زدن از زواید و پرداختن به بعضی از کارهای لازمی که امروز به آنها پرداخته نمی‌شود، ممکن است این پنج وظیفه را از حوزه متوقع باشیم و حوزه آنها را برآورده کند؟ ما باید حساب کنیم فرضاً در سی‌سال آینده، این کشور اسلامی چند نفر قاضی مجتهد عادل لازم دارد. حوزه بایستی این‌طور خیز بردارد که بتواند تا سی‌سال آینده، این تعداد را تربیت کند. همچنان که برای تربیت پزشک، به دانشگاه‌ها می‌گوییم، مثلاً برای بیست سال آینده، این تعداد پزشک لازم داریم. دانشگاه‌های پزشکی هم طوری برنامه‌ریزی می‌کنند که این نیاز تأمین بشود. حالا اگر پزشک نداشتیم، از کشورهای دیگر می‌آوریم؛ ولی اگر ملا نداشتیم، از کجا بیاوریم؟ این توقع نیز جز با سازماندهیِ درست انجام نمی‌گیرد.
منبع: حوزه و روحانیت در نگاه رهبر معظم انقلاب، ص 510