برنامه سفر كربلا و مشهد هر ساله براى طلاب مدرسه علميه علم‌الهدى برگزار مى‌شود و در سفر به عتبات عاليات، با آية‌‌الله العظمى ‌سيستانى ديدار مى‌كنند و از رهنمودهاى اين مرجع تقليد بهره‌مند مى‌‌شوند.
مدير مدرسه علم‌الهدى در گفت‌وگو با مركز خبر حوزه، با تشريح برنامه‌هاى آموزشى اين مدرسه گفت: با پيگيرى‌هاى به عمل آمده و همكارى حوزه علميه قم، سطح دو حوزه نيز به صورت رسمى‌در اين مدرسه تدريس مى‌شود.
 حجةالاسلام‌ احمد يعقوبى خاطرنشان كرد: اساتيد محقق و اهل‌قلم را جذب كرده‌ايم و با وجود طلاب نخبه در اين مدرسه اميدواريم وضع آموزشى طلاب، روز به روز شكوفاتر شود.
وى با بيان اين‌كه برنامه‌هاى آموزشى از 7 صبح در اين مدرسه آغاز مى‌شود، ادامه داد: طلبه بايد به مباحثه اهتمام داشته باشد و ساعات محدود مباحثه مشخص شده، هر چند طلاب ملزم نيستند حتماً در محل مدرسه مباحثه كنند.
مدير مدرسه علميه علم‌الهدى ابراز داشت: اين مدرسه داراى 15 حجره و 25 طلبه خوابگاهى است و براى توسعه آن، در صدد تهيه زمينى در كنار مدرسه هستيم.
وى با اشاره به برگزارى دروس اخلاق گفت:  برنامه‌هاى اخلاقى در اين مدرسه به صورت منظم انجام مى‌شود و طلاب هر هفته از رهنمودهاي اخلاقى اساتيدي مانند حجج‌اسلام اديب‌يزدى، صديقى، ميرباقرى، نقويان، تقوى و اصلانى استفاده مى‌كنند.
 حجة‌‌الاسلام يعقوبى افزود: علاوه بر دروس رايج، برنامه‌هاى آموزشى، مانند آموزش رايانه و زبان‌هاى خارجى براى طلاب اجرا مى‌شود.
 مدير مدرسه علميه علم‌الهدى ادامه داد: برنامه‌هاى ورزشى صبح، هر روز براى طلاب اجرا مى‌شود و سه نفر از آنان در رشته‌هاى رزمى‌ از نفرات برتر كشور هستند.