حوزه از همان ابتدای تأسیس خود، دارای سنت‌های پژوهشی‌ای کارآمد و مفیدی بوده است. از همان اول که طلبه مشغول ادبیات خواندن می‌شد، درس خواندن و فهمیدن و داوری بین دو نظریه علمی و انتخاب و اظهار نظر را می‌آموخت. شیخ اعظم در دست‌خطی که از ایشان است و بنده ملاحظه کردم، توصیه‌هایی فرمودند که بسیار جالب است. ایشان دو امر را خیلی سفارش کردند؛ یکی اینکه طلاب را سفارش کرده بودند به نوشتن و اینکه مطالب را به قلم بیاورند؛ همان‌طور که در روایات ما هم هست و تجربه هم گفته که علم وقتی نوشته می-شود، به بند درمی‌آید و اصولاً هنگام نوشتن یک مطلب، نکات و تحلیلات جدیدی از آن در ذهن خطور می‌کند و مطالب جدید و جرقه‌های جدیدی را به ذهن می‌آورد که مثلاً آیا  این مقدمات به این نتیجه ختم می‌شود یا خیر یا راه‌های جدیدی برای اثبات آن وجود دارد یا خیر؟
سفارش دوم مرحوم شیخ انصاری این بود که با  علما و بزرگان مباحثه کن و در مجلس  بحث آنها شرکت کن. همین گعده‌های علمی که در نجف رایج بوده، بعضی از آنها اعجاب‌آور است.
این بالندگی‌هایی که در فقه و اصول بوده و هست، نتیجه این حالات بوده. ایستایی کنونی علوم دینی، کمی نتیجه ترک این حالات است؛ البته پژوهش همیشه ملازم با نوشتن نیست؛ ممکن است کسی پژوهشگر قوی‌ای باشد؛ ولکن چیزی ننوشته باشد؛ ولی حرف برای گفتن دارد که توسط شاگردانش منتقل شده باشند. برخی از پژوهشگران بزرگ صاحب قلم نبودند؛ بلکه نظرات‌شان را شاگردان آنها نقل می‌کردند.
این سخن «علیکم بالمتون لا باحواشی» نکته صحیحی است. حواشی زیاد دیدن، هم ذهن را خسته می‌کند و هم، وقت را می‌گیرد. برخی از بنده سؤال می‌کنند، از حواشی مکاسب و رسائل کدام‌ها را بخوانیم؛ اما به نظر بنده، مهم برای آنها در آن وقت، فهمیدن حرف شیخ است. با ترک خواندن حواشی بسیار، شاید دوران سطح-خوانی هم کوتاه‌تر شود.
یکی از فایده‌های پژوهش این است که ذهن را فعال و از حالت حفظی و تقلیدی خارج می‌کند. همچنین پژوهش در بعضی مواقع بر تتبع و آراء و حواشی مختلف را دیدن، اولویت دارد. بعضی از شاگردان امام خمینی(قد) برای درس ایشان حواشی مختلف را می‌بردند خدمت‌شان تا ایشان آن حواشی را مطالعه کنند؛ ولکن حضرت امام(قد) از پذیرش آنها امتناع می‌کردند یا یکی دو حاشیه را بیشتر قبول نمی‌کردند و در جواب می-گفتند: اگر بخواهم این همه حواشی ببینم، پس کی فکر کنم.
تتبع در علوم نقلی مثل فقه نیز، بسیار مهم است. کسانی مانند حاج کاظم تبریزی در تتبع کم‌نظیر بود. تتبعات فراوانی داشت و می‌گفت: در فقه گاهی یک کلمه‌ای که بزرگی در تعلیقه‌ای یا حاشیه‌ای گفته، منشأ فکر و تتبعات فراوان برای من شده و برایم فتح بابی کرده است. حاشیه آخوند بر مکاسب کم است؛ ولکن نکات بسیار عالی‌ای دارد. البته بر کتاب‌هایی که ماندگاری بالایی دارند، باید حاشیه نوشت.
نکته‌ای هم که در مورد سنت‌های پژوهشی هست، اینکه حوزه سنت‌های پژوهشی بسیار عالیه‌ای داشته است؛ مثل تعلیقه و حاشیه‌نگاری. الآن نوشتن تفسیر خوب است؛ ولکن خوب است که برخی از علماء کار تفسیری‌شان این باشد که مثلاً حاشیه‌ای بر تفسیر المیزان یا تفاسیر دیگر شیعی بنویسند.