فعالیت‌های آیت‌الله شاهچراغی پیش از انقلاب اسلامی
آیت‌الله شاهچراغی پیش از حضور در سمنان مدتی را در نایین اقامت گزیده و ضمن تدریس در حوزه علمیه این شهر در یکی از مساجد اقامه نماز می‌کرد. در سال ۱۳۵۱ به درخواست مردم سمنان و توصیه حضرت آیت‌الله ‌گلپایگانى پس از پایان تحصیلات خود به شهر سمنان رفت؛ در حوزه علمیه صادقیه سمنان مشغول تدریس شد و در مسجد عابدینیه به اقامه جماعت و نشر احکام دین اهتمام ورزید.
آیت‌الله شاهچراغی از آنجا که یکی از شاگردان حضرت امام(ره) محسوب می‌شد، در کنار مراجع و روحانیت انقلابی به مبارزه علیه رژیم و دفاع از اندیشه‌های حضرت امام پرداخت. برگزاری جلسات قرائت و تفسیر قرآن به عنوان یک حرکت مبنایی از همان آغاز ورود آیت‌الله شاهچراغی به سمنان دیده می‌شود. این موضوع علاوه بر تحقق رسالت ذاتی روحانیت، امکان شناسایی افراد مستعد برای ترویج ایده‌های حضرت امام(ره) را فراهم می‌کرد. این جلسات در شرایطی که تمام دستگاه‌های تبلیغاتی رژیم برای انحراف جوانان بسیج شده و سینما و دیگر رسانه‌ها هم به آن کمک می‌کردند، امکان و فرصتی بود تا ضمن کمک به تبلیغ آموزه‌های دینی، مانع از انحراف جوانان شوند. ساواک که به‌خوبی از ماهیت این جلسات و اهداف واقعی گردانندگان آن آگاه بود از همان ابتدا بنا را بر سنگ‌اندازی و کنترل و مراقبت از این جلسات گذاشت.
یکی از کنش‌های سیاسی قابل توجه آیت‌الله شاهچراغی، امتناع از شرکت در مجالس و مراسم‌های منسوب به رژیم بود. از ویژگی‌های دستگاه تبلیغاتی رژیم پهلوی برگزاری جشن‌ها و مراسم متعدد به‌منظور مشروعیت‌سازی برای خاندان پهلوی بود. برخی از این جشن‌ها یا مراسم‌ها جنبه نمادینی برای رژیم داشته و به همین دلیل نیز مهم تلقی می‌گردیدند و رژیم حضور گسترده در این مراسم را در واقع نوعی مشروعیت‌آفرینی برای خود تلقی می‌کرد؛ لذا یاران حضرت امام(ره) در سراسر کشور حضور در این مراسم را تحریم و باوجود مخاطراتی که این مسئله برای آنان داشت، به بهانه‌های مختلف از شرکت در آن خودداری می‌نمودند. از نظر رژیم، افرادی که در این قبیل مراسم حضور نمی‌یافتند، مخالف محسوب می‌شدند و از هرگونه اقدامی علیه آنان ـ اعم از محرومیت‌های اجتماعی، فشار اقتصادی و حتی تبعید و بازداشت ـ خودداری نمی‌شد. از آنجا که روحانیت پرچمدار مبارز علیه رژیم بود، مردم نیز نسبت به مسئله حساسیت پیدا کرده و روحانیونی را که در این مراسم حضور می‌یافتند، طرد می‌کردند. آیت‌الله شاهچراغی از جمله افرادی بود که به بهانه‌های مختلف از شرکت در این مراسم استنکاف می‌ورزید.
در سال‌های ۱۳۵۱ تا ۱۳۵۶ مبارزه آیت‌الله شاهچراغی با رژیم بیشتر در قالب انتقاد از سیاست‌های رژیم و حمایت از اسلام صورت می‌گرفت. از جمله موضوعاتی که در اسناد نیز به آن اشاره شده، مسئله انتقاد از نفوذ بهائی‌ها در حاکمیت، نارضایتی از وضعیت فرهنگی کشور، مخالفت با اسرائیل و دفاع از مسلمانان فلسطین و لبنان و تبلیغ مرجعیت امام(ره) است. این رویه در نیمه دوم سال ۱۳۵۶ و پس از شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در عراق تغییر کرده و به انتقادات صریح، پخش و امضای اعلامیه، و نهایتاً دعوت به اعتصاب و مشارکت در تظاهرات انجامید. آیت‌الله شاهچراغی از برگزارکنندگان مراسم شهادت فرزند ارشد امام در سمنان بود.
از جمله اقداماتی که انعکاس زیادی در میان مردم داشت، تعطیلی نماز جماعت در واکنش به جنایات رژیم پهلوی بود. این موضوع که از سال ۱۳۴۲ بار‌ها در مساجد سراسر کشور تکرار شده بود، در سال ۱۳۵۶ و ۱۳۵۷ به یکی از اشکال ثابت و اثرگذار مبارزه تبدیل گردید. رژیم در مواجهه با این وضعیت کاملاً پیچیده گزینه‌های زیادی نداشت و عملاً قادر به کنترل آن نبود. در استان سمنان بار‌ها در اسناد به تعطیلی نماز‌های جماعت اشاره شده است. این تعطیلی‌ها در واقع واکنش نیرو‌های مذهبی به حاکمیتی بود که نه‌تنها برای اسلام و آموزه‌های دینی ارزش قائل نبود، بلکه به سرکوب و کشتار مردم اقدام می‌کرد. آیت‌الله شاهچراغی و دیگر روحانیون انقلابی استان سمنان در واکنش به رویداد‌های مختلف از این سیاست اعتراضی استفاده می‌کردند.
همچنین آیت‌الله شاهچراغی از برگزار‌کنندگان اصلی مراسم ترحیم شهیدان در استان سمنان بوده است. وی در کنار سایر علمای استان به‌خوبی از این موقعیت استفاده کرده و مراسم ترحیم را به فرصتی برای تقویت نهضت تبدیل می‌کردند. مراسم چهلم شهدای قم و تبریز از جمله مواردی بود که در سمنان به حرکتی اعتراضی تبدیل شد. ایراد سخنرانی‌های اعتراضی و شدیداللحن و شرکت در تظاهرات و اعتصابات از دیگر فعالیت‌های مهم آیت‌الله سید محمد شاهچراغی در مبارزه علیه رژیم شاهنشاهی بود.

  فعالیت‌های آیت‌الله شاهچراغی پس از انقلاب اسلامی
آیت‌الله شاهچراغی پس از پیروزی انقلاب اسلامی و استقرار نظام جمهوری اسلامی، در راستای ایفای نقش معنوی و روحانیتی خویش مسئولیت‌هایی را برای کمک به نظام نوپای اسلامی بر عهده گرفت. ریاست بنیاد شهید انقلاب اسلامی استان سمنان به مدت ۲۲ سال بخشی از این مسئولیت‌ها است. آیت‌الله شاهچراغی در شهریور سال ۱۳۵۸ از طرف جامعه مدرسین حوزه علمیه قم «به‌عنوان قاضی شرع دادگاه شرع و دادگاه انقلاب اسلامی شهرستان دامغان» منصوب شد. پس از مدتی در ۲۷ آذر ۱۳۵۸ به‌عنوان اولین امام‌جمعه استان، امامت جمعه مهدی‌شهر را با حکم امام خمینی(ره) برعهده گرفت و مدت ۲۲ سال در این سنگر به وعظ و هدایت مردم آن شهر مشغول بود. در همین ایام حوزه علمیه ولی عصر(عج) را در مهدی‌شهر تأسیس کرد که ثمرات و برکات زیادی برای مردم این خطه استان به بار آورد.
وی در ۹ اردیبهشت سال ۱۳۵۹ از سوی آیت‌الله مشکینی به‌عنوان نماینده حاکم شرع در هیئت هفت‌نفری واگذاری زمین‌های کشاورزی در شهرستان سمنان منصوب شد. همچنین در چهارمین و پنجمین دوره انتخابات مجلس خبرگان رهبری، مردم استان سمنان به خاطر محبوبیت و چهره انقلابی آیت‌الله شاهچراغی، وی را به‌عنوان نماینده خود در مجلس خبرگان انتخاب نمودند.
آیت‌الله شاهچراغی در دی‌ماه سال 1380 از سوی مقام معظم رهبری به‌عنوان نماینده ولی‌فقیه در استان و امام‌جمعه شهر سمنان منصوب شد و به مدت بیست سال نمایندگی معظم‌له در استان را عهده‌دار بود.
آیت‌الله شاهچراغی در 16 خرداد سال 1400 طی نامه‌ای خطاب به مقام معظم رهبری مراتب استعفای خویش را از نمایندگی ولی‌فقیه و امامت جمعه سمنان به دلیل ناتوانی در انجام وظایف محوله اعلام نمود. دفتر مقام معظم رهبری در سوم مرداد 1400 در پاسخ به استعفای ایشان نوشت:
 «نامه‌ استعفای جناب‌عالی از نمایندگی ولی‌فقیه در استان و امامت جمعه سمنان و نیز اعلام همراهی و حمایت از نیروی پر‌تلاش و تازه‌نفس به استحضار مقام معظم رهبری رسید، فرمودند: جناب حجت‌الاسلام ‌و المسلمین آقای شاهچراغی (دامت توفیقاته) از خدمات و تلاش‌های موفق جناب‌عالی در طول خدمت طولانی چهل‌و دو ساله صمیمانه تشکر می‌کنم. امیدوارم خداوند متعال پاداش نیک به جنابعالی عنایت فرماید...»
 در پی ارتحال آیت‌الله سیدمحمد شاهچراغی، امام خامنه‌ای، آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور، موحدی کرمانی رئیس مجلس خبرگان رهبری و رئسای قوای سه‌گانه، شخصیت‌های ملی و حوزوی در پیام‌هایی، ارتحال این عالم دینی را تسلیت گفتند.

  امام خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم مجاهد و خدوم حجةالاسلام آقای حاج سیدمحمد شاهچراغی(ره) را به مردم شریف استان سمنان و ارادتمندان و علاقه‌مندان ایشان و به‌ویژه خاندان محترم شاهچراغی و خانواده‌ آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم.
سال‌ها امامت جمعه‌ سمنان و انس با عناصر انقلابی و جوانان و دیگر خدمات مردمی ایشان، از جمله‌ امتیازات این سیّد بزرگوار و مستوجب تفضلات الهی است؛ رحمة‌الله‌علیه.

  آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی
بسم‌الله الرحمن الرحیم
ارتحال عالم ربانی آیت‌الله سیدمحمد شاهچراغی(ره) موجب تأسف و تأثر گردید.
آن روحانی بااخلاص سراسر عمر بابرکت خود را در راه ترویج فرهنگ اهل‌بیت(ع) و خدمت به مردم گذراند.
اینجانب درگذشت این شخصیت محترم را به اهالی متدین استان سمنان، حوزه‌های علمیه و خانواده و همه وابستگان تسلیت عرض نموده و علو مقام برای آن فقید سعید مسئلت می‌نمایم.

 جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله وانا الیه راجعون
ارتحال عالم خدمت‌گزار، انقلابی و محبوب، حضرت آیت‌الله حاج سیدمحمد شاهچراغی(ره)، موجب تألم و تأثر گردید.
سوابق درخشان مبارزاتی، سجایای اخلاقی و معنوی و همچنین منش مردمی ایشان، عامل ‌وحدت‌، همدلی‌ و ترویج معنویت بود.
ایشان سال‌ها در جایگاه منیع نمایندگی ولی‌فقیه، امامت جمعه و نمایندگی مردم استان سمنان در مجلس خبرگان رهبری، با رفتاری عالمانه و عمل‌ انقلابی و ولایت‌مدارانه، خدمات ماندگار و بسزایی داشتند.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، ارتحال این عالم پرهیزگار و پدر معنوی استان سمنان را به مردم شریف آن خطه و همه بازماندگان، ارادتمندان و وابستگان به آن مرحوم به‌ویژه سردار شاهچراغی تسلیت می‌گوید و از خداوند متعال برای ایشان علو درجات و برای بازماندگان صبر و اجر مسئلت دارد.

  آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت عالم مجاهد و روحانی بااخلاص حضرت آیت‌الله آقای حاج سیدمحمد شاهچراغی(ره) موجب تألم خاطر گردید.
آن فقید سعید از تبار روحانیت آگاه و مردمی و خدوم و بهره‌مند از فضیلت‌های اخلاقی و اجتماعی بود و سیاست و نجابت ایشان با روح مجاهدت و فداکاری درآمیخته و نمایان بود و در طول زندگی پرارزش و اثربخش خود، همواره تفکر و خط‌مشی اسلامی و انقلابی را ترویج کرده، از کوشش و مجاهدت علمی و عملی، در کسوت مبارزه با رژیم ستمشاهی و نمایندگی ولی‌فقیه در استان و امامت جمعه سمنان لحظه‌ای آرام ننشست.
اینجانب ضمن تکریم سال‌ها خدمت مخلصانه ایشان، فقدان آن مجاهد نستوه را به بیت مکرم آقازادگان مکرم به‌ویژه سردار پاسدار آقای سید محمدتقی شاهچراغی و حجج‌اسلام حضرات سیدجعفر و سیدروح‌الله شاهچراغی، آشنایان و ارادتمندان به‌ویژه مردم فرهنگ‌پرور و انقلابی سمنان تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند غفور ودود برای ایشان، روح و رضوان ربوبی و هم‌نشینی با انبیا و اولیای الهی و برای بازماندگان، آرامش قلبی توأم با اجر فراوان و پایدار مسئلت می‌نمایم.

  آیت‌الله موحدی کرمانی رئیس مجلس خبرگان رهبری
 بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله وانا الیه راجعون
رحلت عضو سابق مجلس خبرگان رهبری، مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیدمحمد شاهچراغ «طاب ثراه»، موجب اندوه و تأثر گردید.
ایشان در زمره مبارزان با حکومت ستم‌شاهی بود که توسط ساواک نیز دستگیر و زندانی شده بود و پس از استقرار نظام جمهوری اسلامی ایران علاوه بر تربیت و پرورش طلاب حوزه علمیه، در مسئولیت‌های اجرایی و قضائی از جمله حاکم شرع، مدیرکلی بنیاد شهید استان سمنان و دو دوره نمایندگی مردم شریف سمنان در مجلس خبرگان رهبری و نیز امامت جمعه شهرستان‌های مهدی‌شهر و نمایندگی ولی‌فقیه در استان سمنان و امامت جمعه مرکز این استان، از روحانیون و علمای فعال و خدوم در نظام اسلامی به‌شمار می‌آمد.
اینجانب ضمن عرض تسلیت درگذشت این عالم انقلابی، ضایعه رحلت ایشان را محضر رهبر معظم انقلاب اسلامی «مدظله العالی»، نمایندگان مجلس خبرگان رهبری، خانواده و فرزندان محترم آن مرحوم و همه ارادتمندان و علاقه‌مندان‌شان به‌ویژه مردم شریف سمنان، صمیمانه تسلیت گفته و علوّ درجات را از خداوند متعال برای آن فقید سعید مسألت می‌نمایم.