پدر بزرگوار و مادر مکرّمه معظّم‌له
والد معظّمشان آیت‎الله آخوند ملا محمدجواد صافی(قد)،  از علمای بزرگ و از اوتاد زمان و صاحب تألیفات ارزشمندی در فقه، اصول، کلام، اخلاق و حدیث بود و در زمینه هنرهای ارزشمندی چون؛ شعر و خوشنویسی نیز سرآمد بود. ایشان در جریان «نهضت مشروطیّت» وارد تهران شد و مورد استقبال شیخ فضل‌الله نورى و دیگر عالمان بزرگ تهران قرار گرفت؛ امّا پس از شهادت شیخ فضل‌الله و تغییر اوضاع، به قم و گلپایگان مراجعت کرد و تا پایان عمر در زادگاهش اقامت نمود.
 زهد، تقوا، عشق به ولایت و فضیلت‌های علمی اخلاقی آن بزرگ‌مرد، از یک‌سو و مواضع قدرتمندانه او در سنگر امر به معروف و نهی از منکر و جبهه‌گیری‎های صریحش در برابر افکار انحرافی، غیرمتدیّنان، ظالمان و جابران آن روزگار از سویی دیگر، هر قدر که مردم گلپایگان را شیفته و مطیع محض او می‎نمود، هیئت‌ حاکمه، خوانین و زورگویان را در برابرش شکننده‎تر می‎کرد؛ چنان‌که آنها همیشه او را سدّ راه اعمال خلاف شرع و بدعت‎گذاری‎های خود دیده و تا زنده بود، از غیرت دینی و خشم الهی او می‎ترسیدند. آفتاب عمر آن عالم جلیل‌‌القدر در افق عصر بیست‌و‌پنجم رجب سال ۱۳۷۸، مصادف با شب شهادت حضرت امام موسی کاظم(ع) غروب کرد.
آخوند ملا محمدجواد صافی(قد) از هم‌دوره‌ای‌های آیت‌الله‌العظمی ‌بروجردی(قد) و مورد احترام بسیار ایشان بودند که حتی یک وقتی به ایشان فرمودند: «من یک شب هم شما را (از دعا) فراموش نمی‌کنم».
والده مکرّمه ایشان، بانوی فاضله، شاعره و فانیه در ولایت اهل‌بیت(ع) دختر آیت‌الله آخوند ملا محمدعلی کاظمی خراسانی(ره) هم‌حجره  و هم‌بحث آیت‌الله‌العظمی ‌میرزای شیرازی(قد) بودند.

   تحصیلات
معظّم‌له تحصیلات خویش را در رشته‌های ادبیات، کلام، تفسیر، حدیث و سطح (مکاسب و کفایه) در گلپایگان، ابتدا در خدمت عالم جلیل، آخوند ملاابوالقاسم مشهور به «قطب» و سپس در محضر والدشان ادامه دادند و از سال ١٣٦٠ هجری ‌قمری به قم حرم اهل‌بیت(ع) مهاجرت نموده و با حضور در مجالس درس و بحث اساتید بزرگ حوزه و مطالعه و تدریس و تحقیق، به تکمیل تحصیلات و تحقیقات علمی ‌خویش پرداختند. ایشان مدّتی به نجف اشرف مشرّف شده و در جوار حرم مطهّر باب مدینه علم حضرت علی(ع) از محضر چند تن از مراجع بزرگ و فقهای عالی‌قدر استفاده نمودند.

اساتید معظّم‌له در قم عبارتند از حضرات آیات عظام:
١. آقای حاج سیّدمحمدتقی خوانساری؛
٢. آقای حاج سیّدمحمد حجّت کوه‌کمره‌ای؛
٣. آقای حاج سیّدصدرالدین صدر عاملی؛
٤. آقای حاج سیّدمحمدرضا‌ موسوی گلپایگانی؛
اساتید معظّم‌له در نجف اشرف، حضرات آیات عظام:
١. آقای حاج شیخ محمدکاظم شیرازی؛
٢. آقای حاج سیّد جمال‌الدین هاشمی‌ گلپایگانی؛
٣. آقای حاج شیخ محمدعلی کاظمی‌ خراسانی؛
و لیکن استادی که در ساختار شخصیت علمی و فکری معظّم‌له اثر بسیار سازنده‌ای داشته و وجود علمی ‌ایشان به او وابستگی کامل دارد، زعیم عالی‌قدر شیعه آیت‌الله‌العظمی‌ بروجردی(قد) است که ایشان مدّت هفده سال از آن‌حضرت در دروس و مباحث رسمی ‌و در خلوت و جلوت و مناسبت‌های مختلف استفاده کرده و از اصحاب خاصّ استفتای ایشان بوده‌اند و در موارد بسیاری، پاسخ به مسائل مهم و یا تحقیق برخی از مباحث را به شخص ایشان ارجاع می‌فرمودند. و مدّت‌ها از ناحیه مرحوم آیت‌الله‌العظمی‌ بروجردی(قد) امتحان خارج طلاب و فضلا را بر عهده داشتند.

   از منظر عالمان دیندر توصیف شخصیت قُدسى و علمى آیت‌الله‌العظمى صافى، چه بسیار مراجع و دانشمندانى که با گفتار و نوشتار خود، زبان به ستایش وى گشوده‌اند. بى‌گمان راه‌یابى وى در گروه «اصحاب خاصّ استفتا» آیت‌الله بروجردى و آیت‌الله گلپایگانى و برگزیده شدن او از سوى امام امت براى عضویت در نخستین دوره «شوراى نگهبان» و غیره، حاکى از عدالت، فقاهت و مدیریّت والاى وى مى‌باشد؛ امّا آنچه که مى‌توان تحت عنوان « از دیدگاه بزرگان» یادآور شد، بدین قرار است:

□ امام خمینى(قد)
«به مردم ابلاغ کنید که معظّم‌له مورد علاقه اینجانب هستند.» ...«من هر شب براى شما دعا مى‌کنم.»
□ آیت‌الله‌العظمى حاج سیّد محمّدرضا موسوى گلپایگانى
«... من ایشان را مجتهدى مسلّم و عادل مى‌دانم.»...«شما، آقاى صافى را نشناخته‌اید؛ ایشان نابغه است، خودشان را نشان نداده است.»
□  آیت‌الله‌العظمی سیّد جمال‌الدین گلپایگانی
آیت‌الله‌العظمی سیّد جمال‌الدین ‌هاشمی‌ گلپایگانی(قد) که از مراجع بزرگ عصر خود در نجف اشرف بودند، در تاریخ سوم جمادی الأولی ١٣٧٥ هجری ‌قمری برای معظّم‌له اجازه اجتهاد صادر نموده و مرقوم نموده‌اند که ایشان به بالاترین درجه اجتهاد و استنباط در احکام شرعیه نایل گردیده‌اند و در آن اجازه بسیار عالی، ایشان را با القاب: العالم، العلم، العلیم، العلام، الفاضل، الکامل، الهمام، علم‌الأعلام و حجّة‌‌الاسلام، یاد فرموده و ستوده‌اند.
□ آیت‌الله‌العظمی ‌ کاظمی‌ خراسانی‌(قد)
آیت‌الله‌العظمی ‌آقای شیخ محمدعلی کاظمی‌ خراسانی‌(قد) مقرّر مرحوم محقّق نائینی، استاد آیت‌الله‌العظمی‌ صافی در نجف، در نامه‌ خود که در تاریخ یازدهم شوال ١٣٦٤ هجری ‌قمری از نجف به گلپایگان فرستاده‌اند، وی را با عنوان والای «عَلَمُ الْعِلْمِ وَمَنَارُهُ» یاد کرده و ایشان را که نجف را ترک کرده بود، به نجف فرا خوانده و این‌گونه مرقوم فرموده‌اند: «مفارقت امثال سرکار از نجف اشرف و خلوّ جامعه علمیه از آن، موجب تأثّر است؛ چون امروز جامعه علمیه، حاجت به امثال سرکار دارد که استعداد ذاتی را با حفظ ظاهر و التزام به نوامیس شرع مطهّر دارا و واجد هستید؛ علی‌هذا حتی‌المقدور اسباب حرکت را فراهم فرمایید. امید است بر عزم مراجعت باقی باشید و جدّاً سرکار را از حضرت حجة‌الاسلام آقای والد دامت‌برکاته تقاضا می‌کنم».
□  آیت‌الله‌العظمی جعفر سبحانى
 ایشان راجع به جریان مراسم نماز بر پیکر پاک آیت‌الله‌العظمى سیّدمحمّدرضا گلپایگانى گفته است:
«بر جنازه مطهّر او پاک‌ترین و وارسته‌ترین فرد یعنى چهره بزرگوار فقیه، آیت‌الله صافى نماز گزارد؛ فردى که در طول عمر، با قلم و بیان، در خدمت اسلام بوده و از عارفان وارسته‌اى که: (یذکّرکم رؤیته) دیدار او، انسان را به یاد خدا مى‌اندازد و معاشرت با او، بر فضل و دانش و تقواى مُعاشر مى‌افزاید.»
□  آیت‌الله شیخ سلمان خاقانى(عالم بزرگ عرب)
«شرایط جالبى پیش آمد که پیر بزرگوارى (آیت‌الله صافى) را دیدم که... درس، بحث، صید حقایق و تعمّق در تاریخ اسلام و در علوم اسلامى، او را فرسوده و لاغر ساخته بود؛ چه آنکه او از امّت اسلامى است که پیروى کردن کورکورانه و بدون تحقیق را در اصول و فروع، حرام مى‌دانند و تلاش و کوشش در تحقیق مطالب را تا مرز توان، لازم مى‌شمرند... بِهْ از این حُسنِ آشنایى که من شما را یافتم...»

   مرجعیت
آیت‌الله‌العظمی صافی، با وجود داشتن تمامی شرایط مرجعیت، کریمانه از آن گذشته بود؛ با ارتحال حضرت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی(قد) در آذرماه 1372هجری شمسی، بنا به تقاضاهای مکرر و اصرار پی‌درپی علما و مردم، بالأخره تصدی مرجعیت را پذیرفت.

آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی نیز در وصیت‌نامه‌اش  بعد از تعیین فرزندان خود براى تصدى و مسئولیت انجام امور مؤسّسات عام‌المنفعه و غیره  چنین سفارش کرده است: «... و هر کجا که اذن فقیه لازم است، با اذن جناب مستطاب آیت‌الله آقاى حاج شیخ لطف‌الله صافى  که من ایشان را مجتهدى مسلّم و عادل مى‌دانم  و پس از ایشان، با یکى از مجتهدین مسلّم و عادل حوزه علمیّه قم عمل گردد...»