متن پیام تقدیر و تشکر آیت‌الله علیرضا اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور بدین شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
اینک که رویداد مهم حوزوی و همایش باشکوه، هویت‌بخش و امیدآفرین صدمین سالگرد بازتأسیس حوزه علمیه قم و نکوداشت مقام علمی مجاهد یگانه‌ دوران، حضرت آیت‌الله‌العظمی حاج‌شیخ عبدالکریم حائری(قد) با عنایات حضرت حق، توجهات خاصه حضرت ولی‌عصر(عج)، عنایت کریمانه رهبری معظم، مراجع عظام تقلید، اندیشمندان، فرهیختگان و عموم حوزویان و خادمان مکتب اهل‌بیت(ع) به‌نیکویی به انجام رسید، بر خود فرض می‌دانیم از مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) به‌جهت صدور پیام راهبردی و تاریخی‌، مراجع عظام تقلید بابت حضور شکوه‌افزا و بیانات و پیام‌های ارزشمند، بیوت دفاتر محترم رهبری معظم و مراجع عظام تقلید، رئیس محترم و اعضای محترم جامعه‌ مدرسین، دبیر محترم و اعضای ارجمند شورای‌عالی حوزه‌های علمیه، اساتید بزرگوار، فضلا و طلاب حوزه‌های علمیه قم و سایر بلاد، تولیت‌های آستان‌های مقدس به‌ویژه تولیت معظم آستان قدس رضوی، نمایندگان محترم ولی‌فقیه و ائمه جمعه محترم استان‌ها و شهرستان‌ها، مدیران محترم نهادها و مؤسسات، مراکز علمی و آموزشی حوزوی به‌ویژه حوزه‌های علمیه خواهران، جامعةالمصطفی، دفتر تبلیغات اسلامی، سازمان تبلیغات اسلامی و جامعةالزهرا(س)، رؤسا و اعضای محترم شوراهای حوزه‌های علمیه استان‌ها، مدیران و همکاران و استادان و طلاب حوزه‌های علمیه استان‌ها و مدارس قم و سراسر کشور، ‌ویژه حوزه‌های علمیه مشهد، خراسان، اصفهان و تهران، هیأت‌رئیسه و اعضای محترم مجلس خبرگان رهبری، تشکل‌ها و فعالان بین‌المللی حوزه‌های علمیه، رؤسا و اعضای محترم شوراها، هیأت‌های امنا و هیأت مدیره‌های نهادهای حوزوی و فرهنگی و تبلیغی و بین‌المللی، دستگاه‌ها و نهادهای بین‌المللی به‌ویژه وزارت خارجه، سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی، مجمع جهانی اهل‌بیت(ع)، مجمع تقریب مذاهب اسلامی و سایر نهادهای بین‌المللی، ریاست محترم و رسانه ملی و همکاران ارجمندشان، خبرگزاری‌ها و خبرنگاران و رسانه‌های ملی و استانی و حوزوی، همه دستگاه‌ها و نهادهای سیاسی، امنیتی، انتظامی و خدماتی استان قم و کشور، استاندار محترم قم و همکاران‌شان، میهمانان گرامی و علمای اعلام از کشورهای گوناگون به‌ویژه از عراق و نجف اشرف، محققان، ارائه‌دهندگان مقالات، شورای سیاست‌گذاری و دست‌اندرکاران برگزاری همایش، دبیر و دبیرخانه محترم همایش و تمامی مشارکت‌کنندگان و دست‌اندرکاران این رویداد تاریخی، صمیمانه و خاضعانه تقدیر و تشکر به‌عمل آوریم و توفیقات روزافزون همگان را در خدمت به ساحت مقدس علوم الهی و دینی از درگاه احدیت مسألت نماییم.
این گردهمایی علمی که حاصل سال‌ها تلاش جمعی از فضلا و فرهیختگان حوزوی بود، با ارائه‌ دو دانشنامه‌ ارزشمند، توانست تصویری نسبتاً جامع از دستاوردهای علمی و عملکردی و رویکردهای دانشی حوزه‌ علمیه‌ قم در سده‌ اخیر، به‌ویژه پس از پیروزی انقلاب اسلامی ارائه نموده، شخصیت‌های برجسته و تأثیرگذار این نهاد کهن را مورد بازشناسی قرار داده و آراء و نظریات تحولی و نوآورانه‌ عالمان این دیار را بازخوانی کند و جایگاه ممتاز حوزه‌ علمیه را در عرصه‌ تمدن اسلامی و تعاملات بین‌المللی ترسیم نماید و نیز گوشه‌هایی از طرح‌ها و برنامه‌های تحولی حوزه را در سال‌های اخیر به نمایش بگذارد.
تنظیم، تدوین و انتشار منسجم و علمی مجموعه‌ آثار مؤسس بزرگ حوزه‌ علمیه قم، تکمیل و تصحیح نسخه‌های مختلف کتب آن عالم ربانی و معرفی ابعاد ناشناخته‌ شخصیت علمی و مدیریتی آن فقیه سترگ، از دیگر عواید ماندگار این حرکت فرخنده بود.
انعکاس گسترده همایش در رسانه ملی و خبرگزاری‌های ملی و بین‌المللی و حوزوی، برگزاری بیست‌و پنج نشست و همایش علمی در حاشیه سده به‌ویژه همایش‌های تبلیغ، بین‌الملل و حوزه و انقلاب و مقاومت، ده‌ها اجتماع بزرگ حوزویان در استان‌ها و شهرهای کشور و نیز در خارج کشور همزمان با همایش قم و نمایشگاه جانبی همایش، گوشه‌های دیگر از این رویداد مهم بود.
در پایان از محضر ربوبی مسألت می‌نماییم، پاداشی درخور به همه دست‌اندرکاران این رویداد علمی عطا کرده و جایگاه ارزشمند مرحوم آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی و دیگر مراجع و زعمای فقید حوزه و حضرت امام خمینی(قد) را در اعلی علیین و در جوار اولیای خود مقرر ساخته و توفیق خدمت بیش از پیش به این حوزه مقدس و پیگیری محورهای مطروحه در منشور و پیام‌ها، به ما و حوزویان عطا فرماید و سایه بلند‌پایه رهبری معظم و مراجع عظام و بزرگان حوزه‌های علمیه را مستدام بدارد و حوزه‌های علمیه و حوزه علمیه قم را در مسیر آرمان‌های اسلام عزیز و انقلاب و نظام اسلامی و خدمت به ملت ایران و امت اسلام موفق و پیشرو و سرآمد قرار دهد. ولله الحمد اولاً وآخراً
علیرضا اعرافی/ مدیر حوزه‌های علمیه