آیت‌الله‌العظمی حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی(قد) در 19 جمادی الاولی در یک خانواده مذهبی و روحانی که نام خاندان خود را به‌نام غلام با صفای سیدالشهدا(ع) «صافی» برگزیده و در خدمت به آستان ملک‌پاسبان حضرت ولی‌عصر(عج) از صفای خاصی برخوردار بودند، در شهر مذهبی گلپایگان که مهد علماء و دانشمندان بزرگ بوده است، دیده به جهان گشود.
از مرحوم آیت‌الله‌العظمی بروجردی نقل است که می‌فرمود: وقتی که در اصفهان بودم، فضلای درجه اول حوزه آنجا، اهل گلپایگان بودند (مقصودشان آیت‌الله آخوند ملا محمدجواد صافی(ره) والد مکرم آیت‌الله حاج شیخ لطف‌الله صافی(قد)) و هنگامی که به نجف اشرف مشرف شدم، در آنجا شخصیت اول درس آخوند خراسانی و شیخ عبدالله گلپایگانی(ره) بود و نمونه بارز و مصداق روشن فرمایش آیت‌الله بروجردی(قد)، مرجع عالی‌قدر فقیه مجاهد مدافع حریم اهل بیت(ع) پیشتاز عرصه مهدویت، حضرت آیت‌الله حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی(قد) است.

  ایام تحصیل
ایشان در مکتب پدر دانشمند و مادر فاضله و عابده خود که نقل است، هر سه روز یک ختم قرآن داشت و در ماه مبارک رمضان دعای ابوحمزه را از حفظ در قنوت نماز شبش می‌خواند و دایی‌های با فضیلتش و دیگر فرهیختگان گلپایگان که تعدادشان در آن ایام کم نبوده، مدارج ترقی را طی نمود و از بزرگ‌ترین توفیقات خداوند متعال به ایشان، فضلا و اساتید حوزه علمیه گلپایگان، قم و نجف اشرف در آن ایام بود که از محضر آن علمای بزرگ بهره‌ها برد.

  هجرت به قم
در 23 سالگی پس از اینکه دروس مقدمات و سطح را نزد آیت‌الله آخوند ملا ابوالقاسم قطب(ره) که از مجتهدین بنام بود، خواند و مکاسب، قوانین، فرائد و کفایةالاصول را نزد پدر بزرگوارش آیت‌الله آخوند ملا محمدجواد صافی(ره) آموخت و در همان جا با نوشتن حواشی و مقالات مهم فقهی و اصولی به درجه اجتهاد نائل شد، رحل اقامت به قم افکند و در مجلس درس مراجع ثلاث، آیات عظام سید محمدتقی خوانساری، سید صدرالدین عاملی و حجت کوه‌کمره‌ای(ره) شرکت نمود. می‌گفتند: در نماز معروف باران که آیت‌الله سید محمدتقی خوانساری خواند، در هر سه روز آن حضور داشتم و شرح آن مفصل است که در یادداشت‌های ایشان آمده است.

 عزیمت به نجف اشرف
معظم‌له در سال 1364ه با اندوخته علمی فراوان وارد حوزه علمیه نجف شدند و در درس اساتیدی چون آیات سید جمال‌الدین گلپایگانی، شیخ محمدعلی کاظمینی و شیخ محمدکاظم شیرازی؟رهم؟ حضور پیدا کردند و از محضر آنها موفق به دریافت اجازه اجتهاد مطلق شدند.

  بازگشت به قم
​​​​​​​بعد از بازگشت از نجف اشرف در حوزه علمیه قم، 17 سال در محضر آیت‌الله‌العظمی بروجردی(قد) بودند که تأثیر به‌سزایی در روش فقاهتی و اجتهادی ایشان داشت. در همان ابتدا، آیت‌الله بروجردی، به مقام بلند علمی و توانایی‌های ایشان در مسائل اعتقادی و دیگر علوم اسلامی پی برده بود و لذا ایشان را در حلقه خاص مشاوران و هیئت استفتاء خود قرار داد و علاوه بر سؤالات فقهی، سؤالات مهم کلامی را به ایشان سپرد.
کتاب منتخب‌الأثر فی الإمام الثانی عشر(عج) را که یکی از 5 کتب مرجع در زمینه مهدویت است، به پیشنهاد آیت‌الله بروجردی(قد)، نوشتند. یا مجله‌ای که از هند آمده بود و ادعاهایی داشت که مثلاً تعلیمات بودا، در اسلام آمده است، آیت‌الله بروجردی به ایشان گفته بود: جواب این ادعا را تهیه کن که آیت‌الله صافی(ره) مفصل جواب دادند و نوشتند: زندگی بودا مجهول است؛ به‌علاوه، روح مکتب اسلام با تعلیمات بودا، متضاد و مغایر است.
 مکتب اسلام، دین توحید و اراده جمع و جامعه است؛ ولی بودا به انزوا و گوشه‌گیری و بریدن از مردم دعوت می‌کند... یا رساله‌ای دیگر که به دستور آیت‌الله بروجردی نوشتند، در جواب شیخ محمد شلتوت بود که در مجله رسالةالإسلام مقاله‌ای داشت، حول استخاره که در تفسیر «وان تستقسموا بالازلام» نوشته بود: استخاره شیعیان از این قبیل است که ایشان جواب محکمی در رد این ادعا نوشتند که استخاره از آن مقوله نیست؛ بلکه از آثار ایمان به خدا و توحید است؛ ولی استقسام بالازلام، از آثار جهل و شرک و اعتقاد به بت‌هاست.